销毁保密文件的方法有很多种，以下是几种常见的选择：

1. **物理销毁**：这种方法包括将文件直接烧毁或者在粉碎机中粉碎。
这是较简单、较直接的方式，可以确保文件无法被恢复。
但是需要注意的是，尽管文件的内容被销毁，文件本身仍可能包含敏感信息，因此必须确保所有相关设备或工具不被用于重新创建敏感信息。
物理销毁也可以配合密封、填埋等环境友好方法，以确保机密信息不会被窃取。

2. **化学销毁**：使用化学溶剂溶解或氧化文件，这种方法通常比物理销毁更安全，因为化学处理可以确保文件中的敏感信息被完全清除。
然而，这种方法需要谨慎使用，以避免意外泄露化学物质。

3. **电子销毁**：电子销毁包括删除文件、格式化硬盘或使用专业软件来擦除数据。
这些方法都需要专业的知识和技能，因为错误的方法可能会破坏文件的数据完整性。
对于高度敏感的信息，可能需要使用专业的数据清除工具来确保删除的信息不会被恢复。

4. **远程销毁**：这是另一种更安全的选择，尤其是对于大量的文件。
通过使用加密和安全通道，可以将文件传输到一个可以安全销毁的服务器。
这种方法的优点是安全和高效，但可能需要额外的许可和审批。

5. **生物技术销毁**：在一些特殊情况下，可以使用生物技术方法来销毁文件。
这种方法可以确保文件中的信息无法被恢复，而且不会留下任何痕迹。
然而，这种方法通常只适用于高度敏感的信息，并且需要专业的生物技术设施和人员。

无论选择哪种方法，都需要确保文件的保密性，并采取适当的措施来防止信息泄露或被窃取。
此外，还需要考虑环境影响和合规性，以确保符合相关的法律和法规要求。